地域の基幹病院小児科として、急性疾患のみならず、多種多様な小児疾患に対して診療、初期対応を行っています。必要であれば福井大学小児科などの専門機関と連携し診療を行います。一般外来は月曜日から金曜日の午前に診療しています。予防接種は火曜の午後、乳児健診は月曜、木曜の午後に行っています。予防接種、乳児健診につきましては、電話等での予約をお願いいたします。慢性疾患の再診は平日午後に各担当医が予約制で行っています。 当科には小児循環器専門医が常勤で勤務しており、心雑音の精査、学校心電図検査の二次精査、先天性心疾患、川崎病既往などの診療を行っています。てんかんなどの神経疾患や発達障害に対しては非常勤の専門医が診療を行っています。神経外来、発達外来は一般外来受診後に予約制で診療を行っています。隔月で診療している小児整形外科外来では非常勤の専門医が発育性股関節形成不全（先天性股関節脱臼）や小児整形外科疾患の診療を行っています。 ２０２５年7月より嶺南地域でははじめてとなる赤ちゃんの頭のかたち外来を開設しました。斜頭症や短頭症（絶壁頭）に対して適応があれば、ヘルメット治療（自由診療）を行っています。ヘルメット治療の詳細などはBerry社のサイト（https://www.babyband.jp/）  をご参照いただければと存じます。
入院診療は、感染症などの急性疾患を中心に行っています。また、当院は地域周産期センターに指定されており、新生児の様々な異常、黄疸、軽度の呼吸障害などに対して診療を行っています。
夜間、休日の小児救急医療は国立病院機構敦賀医療センターと輪番制で行っています。